პოლიპეპტიდური პეპტიდური ჯაჭვის დიზაინის სქემა და ხსნარი

I. რეზიუმე
პეპტიდები სპეციალური მაკრომოლეკულებია, რომ მათი თანმიმდევრობა უჩვეულოა მათი ქიმიური და ფიზიკური მახასიათებლებით.ზოგიერთი პეპტიდის სინთეზირება რთულია, ზოგი კი შედარებით ადვილია სინთეზირებადი, მაგრამ ძნელად გასაწმენდი.პრაქტიკული პრობლემა ის არის, რომ პეპტიდების უმეტესობა ოდნავ ხსნადია წყალხსნარებში, ამიტომ ჩვენი გაწმენდისას ჰიდროფობიური პეპტიდის შესაბამისი ნაწილი უნდა გაიხსნას არაწყლიან გამხსნელებში, ამიტომ ეს გამხსნელები ან ბუფერები, სავარაუდოდ, სერიოზულად არ შეესაბამება გამოყენებას. ბიოლოგიური ექსპერიმენტული პროცედურების შესახებ, ასე რომ, ტექნიკოსებს მკაცრად ეკრძალებათ პეპტიდის გამოყენება საკუთარი მიზნებისთვის, ასე რომ, ქვემოთ მოცემულია მკვლევარებისთვის პეპტიდების დიზაინის რამდენიმე ასპექტი.

პოლიპეპტიდური პეპტიდური ჯაჭვის დიზაინის სქემა და ხსნარი
მეორე, სინთეზური რთული პეპტიდების სწორი არჩევანი
1. ქვემორეგულირებული თანმიმდევრობების მთლიანი სიგრძე
15 ნარჩენზე ნაკლები პეპტიდების მიღება უფრო ადვილია, რადგან პეპტიდის ზომა იზრდება და ნედლი პროდუქტის სისუფთავე მცირდება.ვინაიდან პეპტიდური ჯაჭვის მთლიანი სიგრძე იზრდება 20 ნარჩენზე მეტი, პროდუქტის ზუსტი რაოდენობა საკვანძო პრობლემაა.ბევრ ექსპერიმენტში ადვილია მოულოდნელი ეფექტის მიღება ნარჩენების რაოდენობის 20-ზე დაბლა შემცირებით.
2. ჰიდროფობიური ნარჩენების რაოდენობის შემცირება
პეპტიდები ჰიდროფობიური ნარჩენების დიდი დომინანტურით, განსაკუთრებით C-ბოლოდან 7-12 ნარჩენების რეგიონში, ჩვეულებრივ იწვევს სინთეზურ სირთულეებს.ეს განიხილება როგორც არაადეკვატური კომბინაცია ზუსტად იმიტომ, რომ სინთეზში მიიღება B-დაკეცვის ფურცელი.”ასეთ შემთხვევებში, შეიძლება სასარგებლო იყოს ორზე მეტი დადებითი და უარყოფითი ნარჩენების გარდაქმნა, ან პეპტიდში Gly-ის ან Pro-ს ჩასმა პეპტიდის შემადგენლობის გასახსნელად.”
3. „რთული“ ნარჩენების შემცირება
„არსებობს მრავალი Cys, Met, Arg და Try ნარჩენები, რომლებიც, როგორც წესი, ადვილად სინთეზირებული არ არის“.Ser ჩვეულებრივ გამოყენებული იქნება Cys-ის არაოქსიდაციური ალტერნატივად.
პოლიპეპტიდური პეპტიდური ჯაჭვის დიზაინის სქემა და ხსნარი

მესამე, გააუმჯობესეთ წყალში ხსნადი სწორი არჩევანი
1. დაარეგულირეთ N ან C ტერმინალი
მჟავე პეპტიდებთან შედარებით (ანუ უარყოფითად დამუხტული pH 7-ზე), განსაკუთრებით რეკომენდირებულია აცეტილაცია (N-ბოლო აცეტილაცია, C ტერმინალი ყოველთვის ინარჩუნებს თავისუფალ კარბოქსილის ჯგუფს) უარყოფითი მუხტის გასაზრდელად.თუმცა, ძირითადი პეპტიდებისთვის (ანუ დადებითად დამუხტული pH 7-ზე), განსაკუთრებით რეკომენდირებულია ამინაცია (თავისუფალი ამინო ჯგუფი N-ბოლოზე და ამინაცია C-ბოლოზე) დადებითი მუხტის გასაზრდელად.

2. მნიშვნელოვნად შეამცირეთ ან გაახანგრძლივეთ თანმიმდევრობა

ზოგიერთი თანმიმდევრობა შეიცავს დიდი რაოდენობით ჰიდროფობიურ ამინომჟავებს, როგორიცაა Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr და Ala და ა.შ. როდესაც ეს ჰიდროფობიური ნარჩენები აღემატება 50%-ს, ისინი, როგორც წესი, ადვილი არ არის დაშლა.შესაძლოა სასარგებლო იყოს თანმიმდევრობის გახანგრძლივება პეპტიდის დადებითი და უარყოფითი პოლუსების შემდგომი გაზრდის მიზნით.მეორე ვარიანტია პეპტიდური ჯაჭვის ზომის შემცირება, რათა გაიზარდოს დადებითი და უარყოფითი პოლუსები ჰიდროფობიური ნარჩენების დაქვეითებით.რაც უფრო ძლიერია პეპტიდური ჯაჭვის დადებითი და უარყოფითი მხარეები, მით უფრო სავარაუდოა, რომ იგი რეაგირებს წყალთან.
3. ჩადეთ წყალში ხსნად ნარჩენში
ზოგიერთი პეპტიდური ჯაჭვისთვის, ზოგიერთი დადებითი და უარყოფითი ამინომჟავების კომბინაციამ შეიძლება გააუმჯობესოს წყლის ხსნადობა.ჩვენი კომპანია გვირჩევს მჟავე პეპტიდების N-ბოლო ან C-ბოლო გლუ-გლუ-თან შერწყმას.მოცემულია ძირითადი პეპტიდის N ან C ტერმინალი და შემდეგ Lys-Lys.თუ დამუხტული ჯგუფის განთავსება შეუძლებელია, Ser-Gly-Ser ასევე შეიძლება განთავსდეს N ან C ტერმინალში.თუმცა, ეს მიდგომა არ მუშაობს, როდესაც პეპტიდური ჯაჭვის მხარეები ვერ შეიცვლება.